母公司與子公司都是獨立的法人主體，母公司與子公司都有自己的注冊資本、公司章程，董事會等公司經(jīng)營決策機構。其關系類似于父母與孩子的關系，雖然有血緣關系，但父母與孩子都是獨立的個人，雖然父母會對孩子產(chǎn)生影響，但孩子具有自己獨立的思維，可以獨立做行為決策。
母公司與子公司均以自己的全部財產(chǎn)為限承擔各自的責任，互不連帶。母公司作為子公司最大的股東，僅僅以其對子公司的出資額為限對子公司承擔責任。
由于母公司與子公司是互相獨立的法人主體，在稅收方面，不管是增值稅還是企業(yè)所得稅，均應當獨立核算。母子公司之間可以簽訂業(yè)務協(xié)議，互相開具發(fā)票。企業(yè)所得稅方面，母子公司可以獨立申請稅收優(yōu)惠，例如高新、加計扣除等，彼此之間的交易應當遵循獨立交易原則。
分公司是總公司的一部分，不具有獨立的法人資格，沒有注冊資本，沒有自己的獨立財產(chǎn)，其實際占有、使用的財產(chǎn)是總公司財產(chǎn)的一部分，列入總公司的資產(chǎn)負債表，不獨立承擔民事責任。分公司也沒有自己的公司章程，沒有董事會等公司經(jīng)營決策機構。在注冊成立時，分公司也比一般公司的注冊程序簡單，不用核名，只要在總公司名稱后加上分公司字樣即可。總分公司的關系類似于我們的身體與四肢的關系，四肢是屬于我們的身體，不能脫離身體獨立行動。
總分公司在稅收方面與母子公司有差異。增值稅方面，總分公司之間也可以簽訂業(yè)務協(xié)議，互相開具發(fā)票，總分公司之間可以做不同的業(yè)務，分公司也可以承接總公司的業(yè)務，這一點與母子公司類似，差別不大。企業(yè)所得稅方面，由于分公司不具有獨立的法人資格，因此分公司的利潤或者虧損需要匯總到總公司納稅，按照“統(tǒng)一計算、分級管理、就地預繳、匯總清算、財政調(diào)庫”原則執(zhí)行。
需要注意的是，很多企業(yè)認為自己的分公司是獨立核算的，因此，企業(yè)所得稅也是獨立計算繳納的，這一理解是不正確的。分支機構采用“獨立核算”或者“非獨立核算”，僅僅是企業(yè)內(nèi)部管理的要求，而不是稅務機關的要求，不影響總分公司匯總納稅的稅務征管。
由于總分公司匯總計算企業(yè)所得稅，因此，總分公司之間可以盈虧相抵，幫助企業(yè)達到降低稅負的效果，這也是從企業(yè)架構角度進行稅收籌劃很重要的一種方式，而母子公司獨立核算，不可以盈虧相抵。
了解母子公司、總分公司在企業(yè)責任承擔、會計核算、稅務處理等方面的差異，有助于幫助我們在注冊新公司時全盤考慮，選擇對自己更為有利的方式，從而提前進行籌劃。
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